Depuis 2009, UNOWAS a intensifié sa coopération avec l'Union du Fleuve Mano (UFM), avec un accent particulier sur les initiatives liées à paix et à la sécurité. En effet, malgré les efforts soutenus des pays du Bassin du Fleuve Mano (Côte d'Ivoire, Guinée, Libéria et Sierra Leone) au cours de la dernière décennie pour stabiliser la région, celle-ci demeure instable en raison de la porosité des frontières qui facilite la circulation de groupes armés et criminels.

Les Résolutions 2000 (2011), 2062 (2012) et 2066 (2012) du Conseil de sécurité encouragent la CEDEAO et l’UFM à, avec le soutien de UNOWAS, développer une stratégie sous-régionale face à la menace de mouvements transfrontaliers de groupes armés et d’armes, ainsi qu’au trafic illicite, avec l'aide de l'Opération des Nations Unies en Côte d'Ivoire (ONUCI), la Missions des Nations Unies au Libéria (MINUL), la Mission intégrée des Nations Unies pour la consolidation de la paix en Sierra Leone (MINUSIL) et l'Equipe-pays du Système  des Nations Unies (UNCT) en Guinée.

A la suite, les Etats membres ont adopté le Plan opérationnel de l’UFM sur la paix et la sécurité au cours de la 21^ème Session ordinaire du Sommet des chefs d'Etat et de gouvernement de l’UFM tenue le 15 Juin 2012 à Conakry (Guinée). Le Sommet a également approuvé la création de l'Unité de paix et de sécurité pour superviser la mise en œuvre du Plan, et a décidé de créer un comité de pilotage composé de l’UFM, de la CEDEAO et de l'ONU, pour diriger le développement de la stratégie de sécurité.

Le 29 Juin 2013, une réunion de haut niveau sur la sécurité transfrontalière dans l'Union du Fleuve Mano (UFM), tenue à Dakar (Sénégal), a créé un comité de pilotage composé de l’UFM, de la CEDEAO et de l'ONU, avec pour objectif l’élaboration d'une stratégie de sécurité transfrontalière et le suivi de son adoption à fin 2013. Le comité directeur, dirigé conjointement par le RSSG Said Djinnit, Madame Salamatu H. Suleiman, Commissaire de la CEDEAO pour la paix, la sécurité et les Affaires politiques, et Madame Hadja Sara Daraban-Kaba, Secrétaire général de l'Union du Fleuve Mano, a rempli son mandat avec la signature d'une déclaration, le 25 octobre 2013 à Dakar, par les chefs d'Etat et de gouvernement des pays membres de l'UFM, adoptant la Stratégie pour la sécurité des frontières dans l'Union du Fleuve Mano. En adoptant la Stratégie, les chefs d'État et de gouvernement ont encouragé le Secrétariat de l'UFM, la CEDEAO et UNOWA « à mettre en place le Comité de suivi, et à poursuivre leur partenariat pour la mise en œuvre effective de cette stratégie ».

Le soutien actuel d’UNOWAS à l’UFM s’inscrit dans la mise en œuvre de cette stratégie. En effet, la stratégie de sécurité de l’UFM enjoint UNOWAS à travailler en étroite collaboration avec la MINUL, la MINUSIL, l'ONUCI et les équipes-pays des Nations Unies en Guinée, en Côte d'Ivoire, au Libéria et en Sierra Leone, ainsi qu’avec les organismes des Nations Unies tels que le PNUD, le HCDH, l'ONUDC, UNW, FNUAP et l'UNICEF, vers un soutien de l'ensemble du système, à la mise en œuvre de sa stratégie. Cela comprend une planification et des actions conjointes, des consultations régulières ainsi que la mobilisation de ressources (à la fois au sein de l'ONU et auprès d'autres partenaires) pour soutenir l’UFM dans la mise en œuvre de l’ensemble de la stratégie de sécurité; et dans la mise en place et l'opérationnalisation de l’Unité conjointe de sécurité et de restauration de la confiance de l’UFM (UFM-JSCBUs) ; la mobilisation de soutien politique international pour les projets de développement communautaire des frontières et les initiatives de triangle de croissance. En outre, les trois missions de maintien de la paix seront mises à la disposition de l’UFM dans le cadre d’actions de renforcement des capacités et d'assistance technique dans des domaines tels que le développement communautaire, la promotion et la protection des droits humains, la lutte contre la violence à l'égard des femmes et des enfants, le respect du droit et la réforme du secteur de la sécurité.

L’UFM, la CEDEAO et UNOWAS doivent également développer un mécanisme tripartite de consultations et d'évaluations régulières de la mise en œuvre de la stratégie. (Stratégie pour la sécurité transfrontalière dans l'Union du fleuve Mano).